A. Fauna
TNBB seringkali identik sebagai taman nasional yang dibentuk untuk memberikan perlindungan bagi kelangsungan / keberadaan Jalak Bali (Leucopsar rothchildi). Namun secara umum dapat dikatakan kawasan TNBB kaya akan potensi fauna. Berdasarkan jenisnya, fauna yang terdapat di TNBB antara lain terdiri dari 7 jenis mamalia, 2 jenis reftilia, 105 jenis aves, 120 jenis ikan, dan lain-lain.

Jenis-jenis fauna yang dilindungi yang terdapat di TNBB antara lain:No Nama Nama Ilmiah Status
1 Jalak Bali Leucopsar rothschildi langka; dilindungi
2 Trenggiling, Kesih (Bali) Manis javanicus Langka; dilindungi katagori II (CITES)
3 Jelarang, Kapan-kapan (Bali) Ratufa bicolor Langka; dilindungi katagori II (CITES)
4 Landak Hystric branchyura Langka
5 Kueuk Felis marmorata langka; dilindungi populasi menurun
6 Menjangan Cervus timorensis Dilindungi; katagori II (CITES)
7 Banteng Bos javanicus langka; menuju kepunahan katagori III vulnerable
8 Pelanduk, Kancil (Bali) Trangulus javanicus langka; dilindungi populasi menurun
9 Biawak Varanus salvator langka;
10 Penyu rider Lepidochelys olivceae langka; dilindungi



B. Vegetasi
Berdasarkan ketinggian tempat maka kawasan TNBB dibagi dalam 2 ekosistem yakni Tipe Ekosistem Darat yang meliputi : Ekosistem Hutan Mangrove, Ekosistem Hutan Pantai, Ekosistem Hutan Pantai, Ekosistem Hutan Musim, Ekosistem Hutan Hujan Dataran Rendah, Ekosistem Evergreen, Ekosistem Savana, dan Ekosistem River Rain Forest. Sedangkan Tipe Ekosistem Laut meliputi Ekosistem Coral Reef, Ekosistem Padang Lamun, Ekosistem Pantai Berpasir, Ekosistem Perairan Laut Dangkal, Dan Ekosistem Perairan Laut Dalam.

Jenis-jenis flora yang dilindungi yang terdapat di TNBB antara lain:No Nama Nama Ilmiah Status
1 Bayur Pterospermum diversifolium Tanaman langka (IUCN; dilindungi SK Mentan No. 54/Kpts/Um/2/1972
2 Buni Antidesma bunius Tanaman langka
3 Bungur Langerstroemia speciosa Tanaman langka (IUCN; dilindungi SK Mentan No. 54/Kpts/Um/2/1972
4 Burahol Steleochocarpus burahol Langka
5 Cendana Santalum album Tanaman langka (IUCN; dilindungi SK Mentan No. 54/Kpts/Um/2/1972
6 Kemiri Aleuritas moluccana Tanaman langka (IUCN; dilindungi SK Mentan No. 54/Kpts/Um/2/1972
7 Kepah, Kepuh (Bali) Sterculia foetida Tamanam langka IUCN
8 Kesambi Schleichera oleosa Tamanam langka IUCN
9 Kruing bunga Diptercocaus Hasseltii Tanaman langka BTNBB
10 Mundu Garcinia dulcis Tamanam langka IUCN
11 Pulai Alstonia scolaris Tamanam langka IUCN
12 Sawo kecik Manilkara kauki Tamanam langka (IUCN; dilindungi SK Mentan No. 54/Kpts/Um/2/1972)
13 Sono keling Dalbergia latifolia Tanaman Langka (IUCN; dilindungi SK Mentan No. 54/Kpts/Um/2/1972)
14 Trengguli Cassia fistula Tanaman Langka